如果南昌市电动车被电子眼抓拍违章行为，车主可以通过南昌市交通管理部门指定的交通违法处理窗口或者网上交通违法处理平台进行处理。

车主需要登录平台或前往窗口，输入车辆信息和违章记录号，然后选择交纳罚款的方式进行缴纳。

罚款可以通过支付宝、微信等电子支付方式进行缴纳，也可以选择到指定的银行网点进行现金缴纳。一旦缴纳了罚款，车主就可以解除违章记录并完成相应的处罚。