1、许可证类型不同：医院药房受《药品管理法》规定，必须由县级以上卫生行政部门颁发《药品经营许可证》，而社会药房则要由市场监督管理部门颁发《药品经营执照》。
2、经营范围、货源不同：医院药房主要为临床提供药品，货源主要是向药械公司采购，而社会药房受《药品管理法》规定，只能销售批发企业及其委托的经营企业的药品，货源主要是向批发企业采购。
3、销售对象不同：医院药房主要向住院病人和门诊病人销售，而社会药房则向普通消费者开售
都不是。在医院药房发药的是司药。司药岗位也是要资质的。职称有中西药士或药师。司药的责任重大，按医生的处方调配发放并详细解释用法用量及注意事项。
医院药房运营的药品种类是具备供货保障性住房地，偏重于达到基本上健康服务的必须和临床用药的安全合理；
社会药房运营的种类是可选择性地，偏重于经济利润的利润最大化。