《哥斯拉大战金刚2：帝国崛起》的故事背景设定在上一部电影的事件数年后，讲述了强大的金刚和哥斯拉面对新的巨大威胁的冒险故事。

这部电影深入探索了这些巨兽的起源，并揭示了骷髅岛等地的奥秘。影片中，金刚穿越地球空洞的未知层面，踏上了一段新的旅程。同时，上古之战的面纱也将被揭晓，这场战斗不仅创造了这些超凡的生物，还深刻影响了人类世界的命运。

此外，在故事发生的时间线上，金刚回归地心世界，而哥斯拉则陷入长久沉睡。吉雅作为骷髅岛的原住民，也在艾琳·安德鲁斯博士的照顾下逐渐适应了人类世界的生活。但当来自地心世界的特殊信号传来时，一切又再次发生了变化。