根据山东省的门诊特殊病种管理规定，以下是一般的申请流程：

1. 就诊医院：患者首先需要去住院医疗机构的相应科室进行就诊，确诊为特殊病种后，可向医生咨询特殊病种申请的流程和相关材料。

2. 特殊病种申请材料：患者需要提供相关的申请材料，通常包括以下内容：

- 患者个人身份证明材料（包括身份证、户口本等）；

- 医生开立的特殊病种诊断证明书；

- 患者的病历、检查报告及诊断证明等相关医疗文件；

- 其他可能需要提供的材料，如病案首页、住院病历等。

3. 医生申报：医生会根据患者的病情和提供的材料，进行特殊病种申报。医生根据特定流程填写特殊病种申请表格，并提交相应的材料。

4. 医保审批：医保机构会对申请进行审批，根据相应的政策和条件进行审查。审批通过后，医保机构会出具特殊病种医保资格认定证明。

5. 经办机构结算：患者就医结束后，携带医保资格认定证明和相关医疗费用发票等材料，到医保经办机构进行费用结算。

请注意，具体的特殊病种申请流程可能会因地区和医疗机构而有所不同，最好根据实际情况咨询当地的医疗机构或医保部门，以获取详细的申请流程和要求。