《仙剑奇侠传三》一共有四个剧情，分别是主线剧情、玉虚宫剧情、东海岸剧情和烟雨楼剧情。
主线剧情是游戏中最主要的剧情，讲述了女主角白晶晶寻找真相的故事；玉虚宫剧情是一条支线剧情，主要讲述了关于古剑的秘密；东海岸剧情也是支线剧情，讲述了与多个江湖侠士的交往；烟雨楼剧情是第四条支线剧情，讲述了一个悲惨的爱情故事。四条剧情共同构建了这个丰富多彩的仙侠世界。
仙剑奇侠传万剑诀可以通过在游戏中铸造、炼制和集齐仙气之泉等方式获得。首先要完成铸剑任务，然后可以在熔炉中使用锻造材料进行铸造。
炼制万剑诀需要收集不同的神器，可以通过完成任务、打败BOSS和探索等方式获得。
集齐仙气之泉可以前往仙气之泉之地，消耗仙气获取万剑诀。
获得万剑诀后，还可以在游戏中进行强化和精炼，提升其威力和效果。
在《仙剑奇侠传三》中，五灵珠分别被以下人物所拿:
1. 金轮寺 - 五灵珠被警察局局长王重阳所拿。
2. 禁军营地 - 五灵珠被徐子陵所拿。
3. 神秘洞窟 - 五灵珠被杜如风所拿。
4. 五灵山 - 五灵珠被杨过所拿。
5. 北极洞府 - 五灵珠被墨家大弟子柳岩所拿。