深化公立医院改革是指对现有公立医院体制、机制以及管理制度等方面进行深入的改革，中心环节是建立公立医院法人治理结构，关键点是公立医院管理体制、补偿机制、运行机制和监管机制的改革。
其目标是建立起维护公益性、调动积极性、保障可持续性的公立医院运行新机制，切实缓解群众看病难、看病贵问题。
这一改革涉及多个方面，包括优化医疗资源配置、完善医疗服务体系、加强医疗质量管理、提高医疗服务效率等。通过深化公立医院改革，可以推动医疗卫生事业的持续健康发展，更好地满足人民群众的医疗需求。
1、行政类事业单位。在去年党政机构改革后已经全部完成清理。部分并入行政机关，人员随职能划转整体转隶机关，行政编制有富余，置换为行政编制，反之则保留参公现状。部分剥离行政职能改公益，人员除部分划转机关外，其他全部随单位改公益，保留参公身份和待遇过渡，待下一步分流安置。执法类事业机构目前没有统一的改革政策，人员基本保持现状不变，待未来明确。
2、公益类事业单位。公益一类除部分因为职能相近或进行整合外，其余多数保持现状，机构、人员性质不发生改变。公益二类分三个改革方向：效益差的，主体职责是公益服务的，剥离收费和经营职责改公益一类；效益一般，但能维持单位正常运转的，保持现状；效益比较好，主体职责是收费和经营的，剥离公益职责改企。人员按照“编随事走、人随便走”分流安置，原则上不改变身份和编制。
3、生产经营类事业单位。按照要求全部转企，除少部分人随职能划转分流到其他事业单位安置外，其余人员全部随单位改企，人员剥离编制脱离体制，实行市场化管理
深化公立医院改革，意在对公立医院体系进行全面深层次变革，旨在破除逐利机制、强化公益性，通过管理体制、补偿机制、运行机制和监管机制的改革，提升医疗服务效率与质量，构建合理的医疗服务体系，有效解决群众看病难、看病贵等问题。