非法营运要扣驾驶证是合法的。根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，非法营运属于违法行为，公安交管部门有权采取措施进行查处并对驾驶人处以罚款、扣留车辆或者吊销驾驶证等处罚措施，以保障道路交通安全和公共秩序。因此，对非法营运的车辆行驶人员进行扣留驾驶证是合法的。
非法营运车辆预警是指交通管理部门或相关机构对涉嫌非法营运的车辆进行预警，提醒车主或驾驶员该车辆可能涉及非法营运行为，需要尽快采取措施解除预警并合法经营。
非法营运是指没有依法取得营运权而擅自从事道路运输经营活动的行为，例如未按规定领取有关主管部门核发的营运证件和超越核定范围进行经营等。根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，非法营运行为将受到严厉打击和处罚。
当车辆收到非法营运预警时，车主或驾驶员需要尽快到当地车管所或交通管理部门进行处理，可能需要提供相关证件和资料以证明车辆的合法营运权。如果车辆确实存在非法营运行为，车主或驾驶员需要尽快整改并合法经营，以避免受到相关法律责任和处罚。
因此，非法营运车辆预警是交通管理部门对涉嫌非法营运的车辆进行的一种提醒和警示，旨在促进道路运输市场的合法、有序和健康发展。