针对94年至99年职工档案丢失的问题，最新处理办法主要包括以下步骤：

首先，需及时申报档案遗失，并提交相关证明材料。

随后，单位应协助职工向当地人社局申请补建档案，并报备补办职工个人信息。

补办的职工材料需详尽，包括工龄确认表、招工备案表等原件及复印件。对于无法补齐的材料，可提供其他社会信息记载资料作为佐证。

最后，补办完成的档案应合并至人事档案袋内，并办理机要转递至人社局，以确保职工权益不受影响。