山西省运城市门特的办理流程如下：

准备相关资料：包括住院病历或门诊病历、病理诊断、特殊化验指标结果报告单、基因检测报告单、诊断建议（证明）书等。如果是市医保，需要6张一寸红底照片、身份证、社保卡复印件、居民医保本复印件；如果是省医保，需要一寸红底照片3张、身份证和社保卡复印件。

提交申请：将以上所需资料提交至医保窗口进行审核。

审核与鉴定：经医保办审核通过后，由责任医师对病情资料进行审核鉴定，符合条件的填写《特药申请表》，患者将资料交回医保窗口。

发放证明：医保办将资料报送医保中心，审核通过后，发放《特药申请表》和《特药诊疗手册》，患者即可享受特殊药品待遇。

购药与报销：患者凭《特药申请表》和处方到医院的医保科进行盖章，然后去市医保中心申请特邀证明卡（小白本），之后凭小白本和处方到指定药店购药。购药后，需先垫付药品费用，然后持购药发票等相关资料到医院的财务科进行报销。

需要注意的是，以上流程可能因地区和政策的不同而有所差异。在办理门特时，建议提前咨询当地医保部门或医疗机构的相关工作人员，了解具体流程和政策规定。