全面实行注册制，对St摘帽的企业影响不好。St类上市公司都是濒临退市，经营不善的上市企业，不管有没有注册制，上市公司的经营状况都很难改善。
但是注册制会让更多的企业上市，从而吸收更多的证券市场资金，会导致Tst上市公司加速退役
全面注册制对于“壳资源”的打击较大，因为门槛降低后许多企业不用借壳也可以完成上市，减少了因为“壳资源”而产生的过度投机炒作行为；
又比如说，有利于促进A股投资者结构走向“机构化”，实行注册制后，投资劣质股票的风险加大，普通投资者可能会更倾向于委托专业机构进行投资。
影响有：
（1）注册制不会影响小企业对新三板规范、企业展示功能的需求；
（2）注册制会影响新三板上较好企业的决策，可能会在上市难度降低的情况下转板或重新申报上市；
（3）如果新三板放宽对最好企业层次的投资限制，可能会引起交易所直接的争夺和博弈，而服务提供商的竞争一般而言会带来服务质量的提升。
（4）没准在多年以后，有不少主板创业板的仙股掉下来掉到新三板上惨淡地交易。