常州市灵活就业人员网上申请后，需按照以下步骤进行缴费：

1. 登录系统：登录常州市人力资源和社会保障局官网（http://rsj.changzhou.gov.cn/），进入“个人网厅”模块。

2. 身份认证：使用身份证号码和密码进行登录。若忘记密码，可点击“忘记密码”选项进行找回。

3. 办理灵活就业手续：登录后，点击“办事大厅”模块，选择“社会保险”栏目的“灵活就业人员参保登记”业务。根据系统提示，填写相关信息，提交申请。

4. 查询申请进度：在“办事大厅”模块中，选择“社会保险”栏目的“灵活就业人员参保登记进度查询”业务，输入身份证号码和查询密码，查询申请进度。

5. 缴费：当您的申请被批准后，需按照系统提示的缴费金额和期限进行缴费。通常，灵活就业人员需按季度或年度进行缴费。

6. 缴费方式：您可以选择以下几种方式进行缴费：

a. 银行代扣：签订银行代扣协议，每月按时从指定的银行账户中扣除保费。

b. 银行柜台缴费：携带身份证、银行卡等证件，到指定银行进行现场缴费。

c. 支付宝、微信等第三方支付平台：关注并绑定常州市社会保险事业中心公众号或支付宝生活号，进行在线缴费。

d. 其他缴费方式：如自助缴费机、手机 APP 等。

7. 保存缴费凭证：缴费后，请妥善保存相关缴费凭证，以备日后查询或办理其他业务时使用。

请注意，具体操作步骤和缴费方式可能因当地政策调整而有所差异。在办理灵活就业缴费业务时，请务必咨询当地社会保险部门或关注官方发布的相关信息。确保了解最新的政策和操作流程。